Есть вариант что сам поисковичок выкинул со своей базы идентификации, а вот подобия накрутчиков еще работают, которые заполняются вручную (либо автоматически и долго не изменяются), переход от ссылки скопированной с раритета...
если нарушений со стороны сайта нет,то это видимо из за перебора алкоголя в организмах работников яндекса
Если серьезно,то скорее всего глюк.У меня было похожее когда только добавил свой блог в яндекс веб мастер,сайт в поиске был,а не панели веб мастера ничего не отображалось.
В вопросе не указана поисковая система. А бывает так, что поисковая пользуется данными других поисковых систем и может выдавать в результате поиска не собственные данные - вот и переходы будут (как пример - nigma.ru).