Если все правильно делали, то вижу пока 3 причины:
1. Вирусы. Решение: лечить загрузившись с live CD
2. Антивирусы. Возможно в настройках стоит блокировка автозапуска. Решение: найти и "уничтожить" :) эту настройку.
3. Конфликт с какой-либо из установленных программ. Наиболее вероятны - это программы виртуальных приводов (например DAEMON-Tools, Alcohol 120 и т.д.). Решение: пробовать деинсталировать с перезагрузкой и проверять)
Вообще, отключение автозапуска - это довольно полезное решение. Но учитывая, что у вас проблемы с его нормальным включением-отключением - возможно имеются и более серьезные проблемы в системе. Как вариант попробуйте еще запустить в командной строке (от имени администратора) команду: sfc /scannow