потому что эксплорер - ГБ - г*вн*браузер. самый дырявый и тупой. у него вечно проблему с версткой.
попробуй поставить последнюю версию, может тогда поможет
Браузер считается достойным уважения со стороны веб-разработчика, если им пользуется 1 и более процентов аудитории. Ругайте IE сколько угодно, но пока им пользуется столько народу, сколько сейчас, а он что-то отображает не так, как надо, это означает одно: вы плохо сверстали.
Вагон с тележкой решений можно найти в гугле по запросу «explorer margin:0 auto»: прописать правильный DOCTYPE, написать хак для всех версий IE, изменить позиционирование либо стиль верстки. Вам остается только выбрать наиболее подходящий для вашего случая.