Если я правильно понял:
например в Total Commander:
1. Сравнить каталоги (Shift+F2)
2. Сравнить с учетом подкаталогов
3. Сравнить скрыв одинаковые файлы
Все находится в меню "Выделение" (если меню как у меня :) ) иначе настраивается, например, через горячие клавиши в меню "Конфигурация"-"Разное"