У них аккаунты не забанены?
Если нет, значит они представляли определенную ценность для системы (рекламодатели, игроки, и т.п.)
и админ надеется, что они еще вернутся (как мишка олимпийский )поэтому и не удаляет.
Также общее количество участников на сайте (+500к пользователей) - приманка для новых рекламодателей
А я ещё добавлю: Возможно у ваших рефералов, тех которых не удаляют, есть забаненные рефералы.
Если у пользователя есть забаненный реферал, то система его не удаляет. Хотя я могу ошибаться.