мета вставляются для главной. При том в заголовке, описании и КС должно быть продвигаемый запрос для всего сайта. Так же нужно писать мета для каждой статьи, по такому же принципу...
В разумных пределах и желательно что бы они не повторялись,а то поисковики это не любят.Что касается где?-так зависит от самого сайта и системы управления контентом,допустим если сайт на DLE то в админке прописываются ключевые слова и описание,а к статьям в самой статье есть подпункт ключевых слов и описания, ключевые слова лучше подбирать проанализировав выдачу и запросы